Em 29 de janeiro de 1929, com a inauguração do Instituto São Francisco de Sales - o Colégio Salesiano Riachuelo, o Rio de Janeiro passou a poder contar com a presença amiga e o trabalho incansável dos Salesianos em prol da juventude. Instalado na Rua Luiz Zanchetta, nº 48, em local saudável e pitoresco, teve, na sua inauguração, a presença de personalidades como: Srs. Arcebispos D. Helvécio Gomes de Oliveira, D. Manuel Gomes de Oliveira, D. Antônio de Almeida Lustosa, o doador da propriedade, Dr. Magalhães Castro, e o Diretor, Pe. Luiz Marcigaglia, e outros.

No início de suas atividades, o objetivo essencial era o ensino profissionalizante gratuito, com três escolas profissionais: marcenaria, encadernação e alfaiataria.

Havia, ainda, o Oratório Festivo, atividades religiosas e recreativas aos domingos e dias santos.

Em 1932, tem início o curso primário com 144 alunos. 
No ano seguinte, o 2º turno e em 1934, o curso noturno de alfabetização.

Em 1935, o I.S.F.S, já bastante ampliado nas atividades, possuía curso Técnico Profissional, Oratório Festivo, curso Primário, curso de Auxiliar de Comércio, além de capela, grupos religiosos, escola de canto, Grêmio D. Bosco (meninos), Círculo Juvenil (já com a participação de meninas).

De 1935 a 1938, mantiveram-se os cursos já instalados e foi criado modesto laboratório de Física, Química e Mineralogia.

Em 1939, sob a direção do Pe. Agenor Vieira Pontes, houve grande desenvolvimento da obra, criando-se o Aspirantado e o I.S.F.S funcionou como Seminário Salesiano por algum tempo.

Em 1942 a 1945 assumia a direção o Pe. Francisco Xavier Lanna. Neste período de gestão teve início o curso ginasial.

Em 1948 o I.S.F.S tornava-se a primeira sede da Inspetoria São João Bosco.

Já na década de 60 o I.S.F.S. inaugurava o prédio de três andares com várias salas de aula, impulsionando a educação dos jovens no Rio de Janeiro. 

Nesse período os "Pequenos Cantores da Guanabara", formado por alunos faziam grande sucesso.

Em 1969 tem início o curso científico.
Na década de 70, sob a direção do Pe. Geraldo Altoé, o colégio recebe grande número de alunos, ampliam-se as instalações com construção da 1ª quadra coberta e de modernos laboratórios de Biologia, Química e Física.

Na década de 80, sobe a direção dos Padres Afonso e Antônio Cipriano, o colégio ganha um prédio anexo, onde se localizam a administração, o auditório e mais salas de aulas. Tem início a construção de nosso Poliesportivo. Chega a década de 90 e o Instituto São Francisco de Sales já possui Laboratórios modernos, Sala de Música, Poliesportivo, videoteca e biblioteca.

Nesta época o Diretor é Pe. Dídimo Pereira do Amaral. Após 7 anos de notória administração escolar, Pe. Dídimo vai para outra casa Salesiana e em seu Lugar assume Pe. Hélio Comissário da Silva.

No início do novo século, o Colégio passa à direção de Pe. Sírio Henriques Teixeira. O I.S.F.S, inaugura o Laboratório de Informática e estabelece um novo conceito de comunicação interna, com projetos voltados para a integração dos educandos com os educadores.

No início de 2003, depois de 5 anos de convivência, Pe. Sírio deixa a direção do Colégio nas mãos do jovem Pe. João Luiz Schiavo, que é hoje o responsável por uma série de mudanças que visam manter a escola em crescimento constante, oferecendo sempre o melhor em matéria de educação.

Razão, Religião e Amor: eis porque os Salesianos cativam tanto e são tão especiais em sua maneira de educar. Qualidade e excelência em educação se alcançam quando aliamos bons projetos pedagógicos a um estilo incomparável de ensinar, com carinho e dedicação. Eis porque é ótimo fazer parte desta história. Venha você também escrever mais um capítulo conosco!